La médecine du travail se situe à la croisée des enjeux sociaux, fiscaux et comptables. Sans suivi médical conforme, une entreprise s’expose à des risques importants : redressement URSSAF, pénalités, voire mise en cause de sa responsabilité en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Pour autant, la bonne comptabilisation des frais de médecine du travail reste, pour beaucoup, un sujet flou : compte 6475, 6226, 628, 645, provisions, refacturations… comment s’y retrouver et sécuriser les écritures tout au long de l’exercice ? Une comptabilité claire des charges de santé au travail permet non seulement de respecter le Plan comptable général, mais aussi de piloter plus finement le coût réel du personnel, de la prévention et des obligations légales qui pèsent sur vous en tant qu’employeur.
Cadre légal et obligations de comptabilisation de la médecine du travail (code du travail, URSSAF, PCG)
La première clé consiste à rappeler que l’adhésion à un service de santé au travail est une obligation légale dès le premier salarié, quel que soit son contrat (CDI, CDD, apprenti, temps partiel). Les articles L4622-1 à L4622-7 du Code du travail imposent des visites médicales d’information et de prévention, un suivi individuel renforcé pour certains postes à risques (amiante, plomb, bruit, manutention lourde, etc.) et des visites de reprise ou de pré-reprise. En pratique, près de 98 % des entreprises françaises s’appuient sur un service de santé au travail interentreprises (SSTI) pour remplir ces obligations.
Sur le plan comptable, le Plan comptable général classe traditionnellement ces dépenses dans les charges de personnel via le compte 6475 – Médecine du travail, pharmacie. Cette imputation découle du fait que ces frais sont directement liés aux salariés et à la prévention des risques professionnels. Les URSSAF considèrent que ces dépenses sont à la fois nécessaires et obligatoires : elles sont donc fiscalement déductibles et n’entrent pas dans l’assiette des cotisations sociales du salarié. En cas de contrôle, l’absence de justificatifs (factures, conventions, convocations, attestations de visites) peut néanmoins conduire à un redressement sur d’autres postes de charges sociales, d’où l’importance de bien documenter les écritures.
Une charge de médecine du travail bien imputée et documentée est presque toujours une charge pleinement déductible et incontestable sur le plan social.
Depuis les dernières réformes (notamment la loi santé au travail de 2021 entrée en vigueur en 2022), les missions des services de prévention et de santé au travail (SPST) ont été renforcées : prévention de la désinsertion professionnelle, accompagnement de l’évaluation des risques, actions en milieu de travail. Ces évolutions justifient souvent une hausse des appels de cotisations, qu’il convient alors de comptabiliser de manière cohérente entre cotisations annuelles, prestations ponctuelles et éventuelles provisions de fin d’exercice.
Classement comptable des frais de médecine du travail : comptes 6226, 6281, 645 et comptes de charges sociales
Utilisation du compte 6226 « honoraires » pour les cotisations aux services de santé au travail (SSTI)
Dans la pratique, de nombreux cabinets d’expertise comptable continuent de privilégier le compte 6475 pour toutes les cotisations de médecine du travail. Pourtant, certaines approches internes autorisent l’utilisation du compte 6226 – Honoraires lorsque la relation avec le service de santé au travail s’apparente davantage à une prestation de services qu’à une cotisation sociale. C’est notamment le cas lorsque la facturation distingue clairement un forfait « d’adhésion » et des prestations médicales facturées à l’acte, avec TVA.
Recourir au compte 6226 peut présenter un intérêt si vous souhaitez suivre plus finement tous les honoraires externes liés à la gestion des ressources humaines : médecins, ergonomes, psychologues du travail, consultants QHSE. L’important est de rester cohérent dans le temps : une fois une clé de classement adoptée (par exemple 6475 pour les cotisations annuelles, 6226 pour les interventions ponctuelles), il est fortement préférable de la maintenir pour faciliter les analyses comparatives d’un exercice à l’autre.
Enregistrement en compte 628 « divers » des prestations annexes (visites complémentaires, examens spécifiques)
Les services de santé au travail facturent parfois des actes complémentaires : bilans spécifiques, examens renforcés non obligatoires, tests psychotechniques, sensibilisations ciblées. Ces prestations annexes ne relèvent pas toujours strictement des obligations légales minimales. Certaines entreprises choisissent alors de les comptabiliser en compte 6281 – Divers pour distinguer clairement le socle obligatoire des dépenses de prévention supplémentaires (qualité de vie au travail, accompagnement managérial, etc.).
Cette ventilation en compte 628 facilite le suivi budgétaire des dépenses discrétionnaires de prévention. En période de tension sur les marges, vous pouvez ainsi identifier rapidement les leviers d’optimisation sans toucher aux charges légalement incompressibles. C’est aussi un bon moyen de valoriser vos efforts en matière de santé et sécurité auprès des partenaires sociaux ou des financeurs, en isolant précisément le budget consacré aux actions volontaires.
Ventilation des charges de médecine du travail dans les comptes 645 « charges de sécurité sociale et de prévoyance »
Dans certains schémas comptables avancés, une partie des coûts de médecine du travail est « refacturée » en interne via des clés de répartition vers les comptes 645 – Charges de sécurité sociale et de prévoyance. L’objectif est de refléter au plus près le coût complet de chaque établissement ou centre de profit. Concrètement, l’entreprise comptabilise d’abord les factures en 6475, puis procède à une écriture d’imputation interne (généralement en fin de période) en débitant des sous-comptes 645 par atelier, service ou société du groupe, avec un crédit du 6475 ou d’un compte 791 de produits internes.
Ce type de ventilation intéresse surtout les structures multi-sites ou les groupes qui pilotent de près leur coût du travail par unité d’œuvre (heure de production, journée de chantier, acte médical, etc.). La méthode s’apparente à une clé de répartition des charges de siège : la médecine du travail est vue comme un service central de prévention dont le coût doit être supporté par chaque activité productive.
Distinction entre charges externes et charges de personnel pour le médecin du travail salarié de l’entreprise
Lorsque le médecin du travail est salarié de l’entreprise (service autonome), le schéma change complètement. Les rémunérations sont alors enregistrées en 641 – Rémunérations du personnel, les charges patronales correspondantes en 645, et les éventuelles fournitures médicales toujours en 6475 ou 606 pour certains consommables. La frontière entre charges externes et charges de personnel devient ici déterminante pour la construction du compte de résultat par nature.
Dans cette configuration, les dépenses de médecine du travail ne passent plus par un organisme tiers type SSTI, mais directement par la paie. Le suivi des temps peut aussi être plus fin : un médecin salarié intervenant partiellement sur un autre site du groupe peut donner lieu à des refacturations internes, avec utilisation du compte 791 – Transferts de charges. Comptablement, la logique reste de refléter au mieux le coût réel de la prévention santé pour chaque entité.
Traitement comptable des remboursements et refacturations de visites médicales via comptes 791 et 791000
Les refacturations de visites médicales sont fréquentes : par exemple, une société mère paye la totalité des cotisations de médecine du travail, puis refacture les filiales selon leur masse salariale. Autre cas courant : une entreprise cède un salarié à une autre structure mais supporte encore, temporairement, certaines visites obligatoires. Dans ces situations, les montants refacturés s’enregistrent en 791 – Transferts de charges d’exploitation (éventuellement sous-compté en 791000 dans certains plans personnalisés).
Le principe : la charge de médecine du travail est d’abord constatée en 6475, puis la part récupérée auprès du tiers est annulée partiellement par un produit 791. Ce traitement garantit que le compte de résultat ne supporte in fine que le coût net réellement à la charge de l’entreprise. Attention toutefois à bien documenter les conventions de refacturation, notamment en cas de contrôle fiscal ou d’audit, afin de justifier la réalité des prestations et des clés de répartition utilisées.
Écritures comptables types liées à la médecine du travail : cotisations, factures, provisions et régularisations
Enregistrement d’une facture annuelle de service de santé au travail interentreprises (SSTI) avec TVA
La situation la plus fréquente reste la réception d’une facture annuelle de SSTI, composée d’un montant calculé sur la masse salariale (ou un forfait par salarié) et, selon les cas, d’une TVA. L’écriture comptable type se présente ainsi : débit du compte 6475 – Médecine du travail, pharmacie pour le montant HT, débit du compte 44566 – TVA déductible sur autres biens et services pour la TVA, crédit du compte 437 – Autres organismes sociaux ou éventuellement 401 Fournisseurs pour le montant TTC.
Lorsque la facture inclut une cotisation d’adhésion non soumise à TVA et des prestations annexes soumises à TVA, il est pertinent de ventiler la facture en deux lignes de 6475 ou entre 6475 et 6226. Ce découpage permet d’anticiper d’éventuelles questions ultérieures de l’administration fiscale sur la déductibilité de la TVA et de justifier un éventuel prorata. Une bonne pratique consiste aussi à rattacher la facture à l’exercice concerné en cas de décalage de dates (par exemple facture reçue en janvier N+1 pour des cotisations N).
Comptabilisation d’un médecin du travail salarié : bulletins de paie, charges patronales, DSN
Lorsque l’entreprise emploie directement un médecin du travail, la gestion passe par la paie et la Déclaration sociale nominative (DSN). Le salaire brut est enregistré au débit du compte 6411 – Salaires et appointements, les cotisations patronales (URSSAF, retraite complémentaire, prévoyance) au débit du compte 645, avec comme contrepartie les comptes 431, 437, 4373, etc. Les avantages éventuels (véhicule de fonction, indemnités de garde) suivent le même schéma que pour tout salarié cadre.
Ce modèle interne implique de gérer également les équipements du médecin (local médical, matériel de soins, logiciels de suivi). Les achats de médicaments ou de petit matériel peuvent alors transiter soit par le compte 6068, soit par le compte 6475 selon le niveau de détail souhaité. L’enjeu principal reste de s’assurer que l’intégralité des coûts de ce service autonome de santé au travail est correctement reflétée, afin de comparer objectivement son coût à celui d’un SSTI externe.
Provision pour charges de médecine du travail en fin d’exercice (compte 488 et charges constatées d’avance)
Les cotisations de médecine du travail sont souvent calculées a posteriori, sur la base de la masse salariale réelle de l’année écoulée. Il arrive donc fréquemment qu’au moment de la clôture, l’entreprise n’ait pas encore reçu son appel de cotisation. Pour respecter le principe de rattachement des charges à l’exercice, il convient de constater une charge à payer ou une facture non parvenue. L’écriture classique : débit du compte 6475 pour le montant estimé HT, débit du 44586 pour la TVA éventuelle, crédit du 4386 ou 4081 pour le TTC.
Dans certains cas, le plan comptable interne prévoit l’utilisation du compte 488 – Comptes de répartition périodique des charges et des produits pour lisser les cotisations sur l’année ou pour constater des charges constatées d’avance lorsque la facture couvre une période à cheval sur deux exercices. L’idée est comparable à celle d’un abonnement : la cotisation payée en mars N peut couvrir la période mars N – février N+1 et nécessite une ventilation entre les deux exercices pour une image fidèle du résultat.
Écritures de régularisation après contrôle URSSAF portant sur les cotisations de médecine du travail
Les contrôles URSSAF portent principalement sur l’assiette des cotisations et les avantages en nature, mais peuvent aussi soulever des incohérences de traitement de certaines charges de santé au travail annexes. Par exemple, des remboursements de visites médicales de permis de conduire pour des salariés peuvent être requalifiés selon les circonstances. Si un redressement intervient, l’écriture de régularisation consistera à débiter le compte 645 ou 671 selon la nature du redressement, avec un crédit du compte 431 ou 437.
Il est relativement rare que l’URSSAF remette en cause la déductibilité de la médecine du travail proprement dite, puisqu’il s’agit d’une obligation. En revanche, un contrôle peut être l’occasion d’ajuster les clés de ventilation internes, voire de reclasser certaines dépenses de 628 en 6475 ou inversement, afin d’harmoniser les pratiques avec les recommandations de l’expert-comptable et du commissaire aux comptes. Une fois la régularisation passée, la nouvelle méthode doit être appliquée de manière constante sur les exercices futurs.
Traitement comptable des pénalités pour défaut de suivi médical obligatoire (comptes 671 et 6712)
Un défaut de suivi médical (absence de visite d’embauche, visite périodique non réalisée, etc.) peut entraîner des pénalités, amendes administratives ou condamnations prud’homales. Ces montants ne s’analysent plus comme des charges de prévention mais comme des sanctions. Le bon classement comptable passe alors par le compte 671 – Charges exceptionnelles, et plus précisément 6712 – Pénalités, amendes fiscales et pénales lorsqu’il s’agit d’une sanction pécuniaire.
Ce traitement distinct a un double intérêt. D’abord, il permet de ne pas diluer ces coûts dans les charges d’exploitation courantes, ce qui rend leur suivi plus transparent pour la direction. Ensuite, ces pénalités ne sont, en règle générale, pas déductibles fiscalement. En les isolant, vous facilitez le travail de l’expert-comptable qui devra procéder aux réintégrations extra-comptables lors de l’établissement du résultat fiscal. D’un point de vue managérial, le suivi de ces comptes envoie aussi un signal clair sur le coût réel des manquements aux obligations de santé au travail.
Spécificités par taille et statut de l’entreprise : TPE, PME, associations, professions libérales, BTP
Comptabilité simplifiée des TPE et auto-entrepreneurs pour les charges de médecine du travail
Les TPE et micro-entreprises disposent souvent d’une comptabilité allégée, parfois tenue directement dans un tableur ou un logiciel simplifié. Pourtant, dès qu’un salarié est embauché, l’adhésion à un service de santé au travail devient obligatoire, même pour un temps très partiel. Dans un régime de comptabilité de trésorerie, les dépenses de médecine du travail se comptabilisent généralement en une seule ligne de charge globale, rattachée à un compte 6475 ou à un compte « honoraires » en l’absence de plan détaillé.
Pour un dirigeant de très petite structure, l’essentiel est de distinguer clairement les frais professionnels liés aux salariés des dépenses personnelles. Une bonne pratique consiste à conserver systématiquement les appels de cotisations, convocations et attestations de visite dans un dossier numérique unique « Médecine du travail », afin de pouvoir justifier la réalité des charges en cas de contrôle URSSAF ou de demande du cabinet comptable. Cette organisation simple réduit fortement les risques de requalification en dépenses non professionnelles.
Gestion des comptes de médecine du travail dans les associations loi 1901 subventionnées
Les associations subventionnées doivent souvent ventiler précisément leurs charges par projet, financeur ou activité (culture, social, médico-social). Les frais de médecine du travail peuvent alors être répartis selon des clés basées sur les effectifs, le temps de travail, ou le nombre de salariés affectés à chaque action. Comptablement, le compte 6475 reste la référence, mais peut être décliné en sous-comptes par programme ou par financeur pour répondre aux exigences de traçabilité.
Dans le cadre des budgets prévisionnels déposés auprès des collectivités ou de l’État, il est d’ailleurs fréquent que la ligne « santé au travail » apparaisse sous la rubrique des charges de personnel. Une bonne documentation des conventions de services de santé au travail et des factures annuelles permet aux associations de justifier leurs demandes de subventions en démontrant qu’elles respectent pleinement leurs obligations en matière de protection de la santé des salariés et des travailleurs sociaux.
Particularités du secteur BTP : OPPBTP, risques professionnels et suivi renforcé
Le secteur du BTP présente un risque professionnel élevé : manutentions lourdes, travail en hauteur, exposition au bruit et aux poussières. Les entreprises du bâtiment sont donc soumises à un suivi individuel renforcé pour nombre de leurs salariés, avec des examens plus fréquents et spécifiques. Parallèlement, elles cotisent souvent à des organismes spécialisés comme l’OPPBTP pour la prévention des risques. Ces particularités se traduisent par des charges de médecine du travail plus importantes, généralement imputées en 6475 et parfois ventilées par chantier.
Dans un contexte où la sinistralité reste élevée, le suivi précis de ces coûts peut devenir un véritable levier de pilotage. Comparer le coût des visites renforcées à l’évolution du taux d’accidents, par exemple, aide à mesurer l’impact des politiques de prévention. Certaines entreprises choisissent même de créer des sous-comptes spécifiques (64751 médecine du travail, 64752 prévention BTP) pour mieux analyser la structure de leurs charges et documenter leurs plans de prévention auprès des maîtres d’ouvrage ou des coordinateurs SPS.
Professions libérales et cabinets médicaux : imputation des visites médicales du personnel soignant
Les professions libérales employant du personnel (assistantes, secrétaires, infirmiers, aides-soignants) sont également soumises à l’obligation d’adhérer à un service de santé au travail. Pour un cabinet médical ou paramédical, les frais de médecine du travail ne doivent pas être confondus avec les dépenses de formation ou de mise à niveau scientifique. Ils s’imputent, comme pour toute entreprise, en compte 6475, qu’il s’agisse d’un médecin libéral à l’IR ou d’une SEL à l’IS.
Dans ces structures, un enjeu récurrent consiste à distinguer les dépenses personnelles de santé du praticien (non déductibles) des dépenses liées aux salariés. Les cotisations versées pour les visites d’embauche et périodiques du personnel soignant sont intégralement déductibles, tandis que les bilans médicaux du dirigeant libéral relèvent souvent d’une logique personnelle. Un classement rigoureux évite des réintégrations fiscales lors d’un contrôle, en particulier lorsque le même organisme facture des prestations pour le praticien et pour ses collaborateurs.
Impact du régime fiscal (IR vs IS) sur la déductibilité des charges de médecine du travail
Que l’entreprise soit soumise à l’impôt sur le revenu (IR) ou à l’impôt sur les sociétés (IS), la logique de déductibilité des charges de médecine du travail reste la même : il s’agit de dépenses engagées dans l’intérêt direct de l’exploitation et imposées par la loi. Elles sont donc, par principe, déductibles du résultat fiscal. La différence tient davantage à la manière dont ces charges se répercutent sur le revenu imposable du dirigeant (bénéfice BIC/BNC pour l’IR, rémunération ou dividendes pour l’IS).
En régime réel simplifié, le classement en 6475 permet de présenter clairement le niveau des charges de personnel élargi, incluant les obligations légales de santé au travail. En micro-BIC ou micro-BNC, ces charges sont prises en compte de manière forfaitaire via l’abattement, ce qui rend moins cruciale la ventilation précise en comptabilité. Dès que l’activité grandit et bascule vers un réel, un plan de comptes structuré devient en revanche indispensable pour répondre aux exigences d’un audit ou d’un contrôle fiscal approfondi.
Intégration des charges de médecine du travail dans les logiciels de comptabilité (sage, cegid, QuickBooks, pennylane)
Les principaux logiciels de comptabilité du marché (Sage, Cegid, QuickBooks, Pennylane, etc.) intègrent nativement les comptes de la classe 64 et notamment le compte 6475. Pour automatiser le traitement des charges de médecine du travail, la solution la plus efficace consiste à paramétrer un journal d’achats ou un profil de fournisseur dédié au service de santé au travail. Ainsi, chaque facture importée (via OCR ou facture électronique) se verra automatiquement proposer une imputation en 6475, avec calcul de TVA le cas échéant.
La généralisation de la facture électronique entre 2024 et 2026 va encore renforcer ces automatismes. Les libellés structurés, les catégories de produits et les flux entre logiciels RH et comptabilité permettront de fiabiliser le rattachement des dépenses de santé au travail à la bonne période et au bon compte. Pour optimiser ce processus, il est recommandé de définir en amont vos règles de ventilation (distinction entre 6475, 6226, 628, 645) et de les intégrer dans les paramètres du logiciel, afin que chaque nouvelle facture respecte ces choix sans retraitement manuel lourd.
Un paramétrage précis dans le logiciel évite des reclassements fastidieux en fin d’année et sécurise immédiatement vos états comptables et fiscaux.
Dans un contexte d’audit ou de recherche d’optimisation, un reporting spécifique peut être mis en place : extraction périodique des écritures du compte 6475, comparaison par établissement, suivi de l’évolution annuelle des charges de médecine du travail par rapport aux effectifs. Ce type d’analyse devient particulièrement pertinent dans les groupes multi-sociétés ou dans les secteurs à forte intensité de main-d’œuvre, où une variation de quelques euros par salarié peut représenter plusieurs dizaines de milliers d’euros sur l’exercice.
Contrôles, audits et conformité : vérification des comptes de médecine du travail par l’expert-comptable et le commissaire aux comptes
Lors d’une mission d’expertise comptable ou d’audit légal, les professionnels portent une attention spécifique aux comptes liés au personnel, dont le 6475 – Médecine du travail, pharmacie. Leur objectif est double : vérifier que les obligations légales sont respectées (adhésion à un service de santé au travail, suivi des visites obligatoires) et s’assurer que les montants comptabilisés correspondent bien à des charges réelles, justifiées par des factures ou conventions. Une absence totale de charges de médecine du travail dans une entreprise employant plusieurs salariés constitue par exemple un signal d’alerte immédiat.
Le commissaire aux comptes peut également contrôler la cohérence entre le montant des cotisations facturées et les effectifs déclarés, voire demander des explications en cas de variation importante d’une année sur l’autre. De son côté, l’expert-comptable s’assure que les écritures de fin d’exercice (provisions, factures non parvenues, charges constatées d’avance) sont correctement passées, afin de respecter le principe du rattachement. Une documentation claire des méthodes de calcul de ces estimations (masse salariale, nombre de salariés, barèmes du SSTI) est alors un atout majeur pour gagner du temps et limiter les échanges.
Une bonne pratique consiste, pour vous, à mettre à jour chaque année une note de travail interne dédiée à la médecine du travail : rappel des obligations, copie du contrat avec le SSTI, barèmes en vigueur, détail des clés de répartition internes, procédures de refacturation éventuelle. Ce document, véritable « mode d’emploi » comptable de la santé au travail, sert de référence à l’ensemble des intervenants (direction, RH, comptabilité, audit) et permet de stabiliser les pratiques dans le temps, même en cas de changement de collaborateur ou de cabinet comptable.